年末調整で受けられる控除は、扶養や配偶者、保険料、2年目以降の住宅ローン控除などに限られます。医療費控除、寄附金控除（ふるさと納税）、雑損控除、住宅ローン控除の最初の年は年末調整では受けられず、確定申告（還付申告）で受けます（国税庁 No.2030）。年末調整を受けた会社員も、これらの控除を受けるときは、源泉徴収票を添えて確定申告をします。
医療費控除
1年間に払った医療費（保険などで補てんされた分を除く）が10万円（総所得金額等が200万円未満の人はその5%）を超える場合に、超えた分を所得から引けます。対象になる医療費の範囲や、セルフメディケーション税制との比較は、医療費控除の計算ツールで確かめられます。医療費控除は、確定申告の期間に関係なく、翌年1月1日から5年間、還付申告ができます。
ふるさと納税
ふるさと納税は、確定申告をしない給与所得者で、寄附先が5団体以内の場合に限り、寄附先に申請書を出すワンストップ特例で手続きできます（国税庁 No.1155）。6団体以上に寄附した人、医療費控除などで確定申告をする人は、ワンストップ特例は使えず、確定申告で寄附金控除を受けます。確定申告をする場合は、ワンストップ特例の申請をしていた分も含めて申告します。
副業の所得と確定申告
給与を1か所から受けていて年末調整を受ける人でも、給与と退職所得以外の所得（副業の雑所得や事業所得など）の合計が20万円を超える場合は、確定申告が必要です（国税庁 No.1900）。20万円以下でも、住民税の申告は別に必要な場合があります。年末調整は勤務先からの給与だけを精算するもので、副業の所得は含まれません。
また、給与の収入が2,000万円を超える人は年末調整を受けられないため、確定申告で精算します。
よくある質問
- 年末調整を受けた後に医療費控除の確定申告をすると、年末調整はやり直しになりますか？
- やり直しではなく、源泉徴収票の金額を使って、医療費控除を加えた確定申告をします。払いすぎた分が還付されます。
- 年末調整の申告書に医療費を書く欄はありますか？
- ありません。医療費控除は確定申告で受けます。
確定申告のやり方
年末調整を受けた会社員が医療費控除などで確定申告をする場合は、勤務先から受け取った源泉徴収票の金額を、国税庁の確定申告書等作成コーナーやe-Taxに入力し、医療費控除の明細書などを加えて申告します。還付申告は、確定申告の期間（2月16日から3月15日）より前の1月から出せます。
確定申告をすると、年末調整で受けた控除（生命保険料控除など）も含めて1年分の税額を計算し直します。年末調整で受けた控除は、源泉徴収票の金額を書き写すことで、そのまま申告に含められます。
寄附金控除と住民税
ふるさと納税で確定申告をすると、寄附した額から2,000円を引いた額が、所得税の還付と翌年度の住民税の減額に分かれて戻ります。ワンストップ特例は、住民税だけで控除される仕組みです。
計算の前提と出典
最終確認日 2026年10月14日。ここに出る金額は、公表されている計算式と令和8年分の税額表で出した目安です。実際の還付・追徴と源泉徴収票の金額は、勤務先が行う年末調整の結果で決まります。申告書には、事実のとおりに記入してください。このページは、どなたかの税額や控除の可否を判断するものではありません。